Si l’on pouvait les admettre à faire pénitence, ils devaient rester écartés de la cléricature et de la dignité épiscopale.
A cette question s’ajoutèrent les conséquences du schisme créé par Novatien sous le pontificat de Corneille et qui s’était beaucoup répandu. Ainsi, Marcien, évêque d’Arles, s’était-il « éloigné de la vérité de l’Eglise » au grand dam de Cyprien qui dénonça son attitude et poussa Etienne à rassembler l’épiscopat gaulois contre l’évêque schismatique et à lui choisir un successeur.
Grand témoin de la doctrine de l’Eglise latine des premiers siècles, père de l’Eglise, représentant de l’épiscopat africain, l’évêque de Carthage revêtait une grande importance. N’admettant rien qu’il estimait dangereux à l’unité de l’Eglise, dont il était soucieux de la sauvegarde, il s’opposa de nouveau à Etienne cette fois sur le sujet brûlant du baptême des hérétiques, schismatiques et chrétiens apostats. Si dans l’Eglise romaine, par tradition, on estimait valide leur baptême d'origine, il n’en allait pas de même en Afrique et dans certaines communauté d’Orient qui exigeaient un nouveau baptême. En 255, un concile carthaginois adopta une position catégorique que défendit Cyprien en s’opposant violemment à l’autoritaire Etienne qu’il menaça d’excommunication. La mort de ce dernier prévint l’irréparable.
Ce dernier conflit mettait en relief la présence de fortes personnalités qui animaient les chrétientés d’Orient et d’Occident, mais aussi la place que tenait Rome, et comment son évêque s’appuyait sur la Tradition sans apport d'innovations.
Cyprien reconnaissait la primauté de Rome, assise sur le siège de Pierre, et sa place au centre de la catholicité. Mais il craignait que le pontife ne soit circonvenu par tous les schismatiques qui le sollicitaient, et ainsi se tromper dans sa vision des choses. Il importait donc que les autres évêques, eux aussi héritiers de l’enseignement apostolique, usent d’un droit d’avertissement ou de remontrance. L’aventure chrétienne allait connaître bien d’autres crises et avatars…
Bien que la tradition rapportât qu’Etienne mourut décapité par des soldats pendant qu'il présidait un office religieux dans la catacombe de Calixte, il ne semble pas avoir connu le martyre, même s’il est vrai, qu’après quatre ans de règne, Valérien édicta tout à coup plusieurs édits de persécution en 257.
Il est présumé avoir été inhumé dans la crypte des papes de la catacombe Calixte, ce qui est tout à fait plausible malgré l’absence de toute trace de sa tombe.