Entre le 29 janvier 1942 et le 9 août 1944, il accompagna ainsi 736 personnes, accompagnements qu’il consigna dans son fameux Journal des Fusillés (composante de son Journal de guerre), dont la lecture est aussi déroutante qu’éprouvante : déroutante par sa sécheresse, son style télégraphique et sa précision comptable ; éprouvante par son énumération souvent purement factuelle agrémentée parfois de quelques annotations sur ses sentiments.
Témoin aussi exceptionnel qu’unique de cette période dramatique, ce journal, publié en français en 2017, a apporté des informations cruciales sur des noms, des dates, des lieux de sépultures, etc.
A la Libération, il resta à Paris pour se mettre au service des soldats allemands intransportables et regroupés à l’hôpital de la Pitié.
Alors que fait prisonnier par les Américains, dans le but de contribuer à un renouveau spirituel de l’Allemagne et à sa dénazification, les autorités françaises envisagèrent, en 1945, la fondation d’un séminaire pour les étudiants en théologie allemands prisonniers de guerre. Sur les conseils du nonce apostolique, Mgr Roncalli, futur pape Jean XXIII, elles confièrent à l’abbé Stock la tâche d’organiser et de diriger ce séminaire derrière les barbelés, installé à l’origine à Orléans, puis transféré au Coudray, près de Chartres. Jusqu’à sa fermeture en 1947, il fut l’organisateur et le recteur du séminaire des Barbelés, l’un des plus importants d’Europe en nombre d’étudiants.