Même s’il n’employa pas toujours les meilleures méthodes pour assurer une enquête scientifique, la campagne du Serapeum, notamment, présentait déjà les aspects cohérents de ce que deviendront les grandes fouilles modernes en travaillant officiellement en relations avec plusieurs intervenants.
Mais surtout, à une époque où la chasse aux antiquités et aux objets précieux prévalait sur les fouilles archéologiques et la muséographie, le grand mérite de Mariette, soucieux de la préservation et de la transmission aux générations futures, fut de ne pas disperser, ni de vendre les objets recueillis qui étaient transportés systématiquement vers le palais du vice-roi ou le musée du Louvre.
Dans cette logique de préservation, en 1858, il fonda le musée de Boulaq dont il fut le directeur jusqu’à sa mort.
Reçu à l’Académie des inscriptions et belles-lettres (1878), l’année suivante, en reconnaissance de l'importance de ses efforts pour la protection du patrimoine égyptien, le vice-roi d'Égypte lui accorda le titre honorifique de pacha.
Miné prématurément par le diabète, il mourut au Caire après avoir accompli une œuvre immense et décisive, veillant avec un soin jaloux sur le patrimoine archéologique. A ce titre, le modeste autodidacte boulonnais peut prétendre tenir son rang parmi les gloires du panthéon culturel.
L’Égypte lui réserva des funérailles nationales et, bien que cela ne soit pas son vœu, il fut inhumé dans le jardin du musée cairote.