A ce titre, le physicien Coutelle l’invita à l’assister pour produire de l’hydrogène à partir de la décomposition de l’eau. Ce fut un succès. Nommé directeur de l’Ecole nationale aérostatique à Meudon, il y enseigna à quelques brillants polytechniciens en devenir. Mais un soir, une explosion dans son laboratoire lui coûta son œil gauche. A la même époque se fit sentir la nécessité de former un dépôt des instruments et machines relatifs aux arts et métiers, disséminés sur points de la capitale. Le Conservatoire national des arts et métiers, dont il fut nommé membre, venait de naître (1794)
Appelé en Egypte, dans la section Mécanique et Aérostats, si le déploiement de l'aérostation fut un échec, il construisit des pompes à incendie, des fourneaux à rougir les boulets contre la flotte anglaise, mit au point une protection contre la rouille des armes, etc. Au Caire, Caffarelli plaça sous ses ordres tous les artistes mécaniciens de la commission des Sciences et Arts ainsi que les aérostiers avec lesquels il construisit les instruments et machines à outils dont l'expédition avait besoin. Grâce aux artisans locaux, il recueillit également de nombreux procédés techniques. C'est aussi à lui que l'on doit la meilleure empreinte de la pierre de Rosette par un tirage lithographique.
A son retour il retrouva son poste de démonstrateur au Conservatoire dont il devint l’administrateur. Malgré ses nombreuses activités, il ne ménagea pas ses efforts pour le rayonnement et le développement de l'établissement. Son rôle fut déterminant pour l'enseignement technique qui lui tenait à cœur.
D’une façon générale, ses contemporains ne cessèrent de louer la rigueur de sa méthode et son aptitude à résoudre les problèmes techniques en articulant ces connaissances théoriques et pratiques tout en y apportant de la simplicité quand cela était possible.
Mais avant tout, qui dit Conté dit « crayons » . Il s’était déjà intéressé de près à la fabrication de couleurs stables pour la peinture à l’huile, le lavis et l’émail. La guerre avec l’Angleterre ayant coupé l’approvisionnement en capucines -, crayon de bois à mine graphite, et les autres gisements en Europe ne pouvant pallier aux énormes besoins du moment -, il fut chargé de trouver un substitut de qualité. Il inséra dans un corps en bois une mine faite de graphite et d'argile.