Toutefois, expérimenté à Lyon, le métier Jacquard fut mal reçu par les ouvriers de la soie (les Canuts) qui voyaient en lui une cause possible de chômage. Ce fut l’une des causes de la Révolte des canuts (1831). Il se dit qu’il regretta toute sa vie les conséquences sociales de cette innovation, les enfants devant trouver du travail dans des usines où les conditions étaient plus difficiles.
Cependant, la mécanique à la Jacquard fonctionnait irrégulièrement. Or, chaque défaut de tissage était un manque à gagner sérieux pour le tisseur. C'est un autre mécanicien lyonnais, Jean Antoine Breton (1775-1836) qui, à partir de 1816 , apporta les améliorations pour palier à cette faiblesse. Mais c’est bel et bien « Jacquard » et ses tissus qui traversèrent les siècles jusqu’à nous.
Soutenu par Napoléon, accumulant prix d’honneur et les récompenses, il fut nommé conseiller municipal d’Oullins (1826). Joseph Marie Jacquard mourut à Oullins où il fut inhumé. Le monument actuel, érigé en 1861, a remplacé la tombe d’origine.