Après quatre ans de service, Quantrill, et ce qui restait de son commando, fut acculé dans une grange par un détachement de l’armée de l’Union. Alors qu’il tentait de s’enfuir, une balle l’atteignit qui le laissa paralysé. Transféré à Louisville (Kentucky) dans un hôpital militaire puis dans un hôpital catholique, il survécut un mois avant de mourir. Il avait vingt-sept ans.
Sa renommée pour ses indéniables qualités de chef, de cavalier et de redoutable tacticien allait être balayée pour laisser la place à un être sanguinaire sans scrupules.
Se sachant perdu, il demanda au prêtre de l’hôpital de lui acheter une sépulture dans le cimetière St John. Le prêtre, craignant les vandales, fit en sorte qu’elle soit anonyme.
Vingt ans plus tard, l’odyssée de ses restes commençait.
Sa mère, s’étant vu refuser le transfert de sa dépouille dans l'Ohio, on lui accorda toutefois le droit de la voir. Accompagnée d’un ami de son fils, on lui ouvrit la tombe. Après avoir identifié William, grâce à une particularité dentaire, ils attendirent l’obscurité pour voler la boîte contenant les ossements qui furent inhumés dans le cimetière familial de Dover (4ème rue).
Cependant, l’ami de William en avait profité pour extraire son crâne et différents ossements. C’est ainsi, qu’à cause de cet indélicat, une partie des restes du leader du commando finirent, en 1972, à la Société historique du Kansas qui les ayant confiés au club des Fils des vétérans Confédérés, ceux-ci les inhumèrent, avec tous les honneurs militaires, parmi six des camarades de combat de Quantrill, dans le vieux cimetière de la maison de retraite des Confédérés d’Higginsville (Old Confederate Veteran's Home Cemetery ) le 24 octobre …1992. Le 30 octobre de la même année son crâne, conservé dans un musée de Dover, fut inhumé dans le carré familial du cimetière de Dover.