Alors qu’elle vivait en exil, Marie-Thérèse revint volontairement auprès de la souveraine et partagea le sort de la famille royale aux Tuileries comme elle la suivit au Temple. Dans la nuit du 19 au 20 août, ceux et celles n’appartenant pas à la famille Capet durent en sortir pour être jugés à l’Hôtel de Ville où siégeait la Commune.
Après une parodie de tribunal présidée par Billaud-Varenne, la princesse fut écrouée à la prison de la Force. Elle ne devait en sortir que pour devenir la plus célèbre victime des massacres de Septembre. Le 3 de ce sinistre mois, Marie-Thérèse se retrouva « élargie », c’est à dire condamnée à passer la porte de la prison, non pas pour retrouver sa liberté mais pour faire face à aux massacreurs qui attendaient à la sortie.
Une seule femme leur fut livrée et ce fut elle. Piques et sabres s’abattirent sur la malheureuse. Bien que morte, les monstres n’en avaient pas fini pour autant. Ils traînèrent son cadavre jusqu’à une borne qui servit de billot de fortune. Pour qu’elle soit reconnue, on maquilla sa tête qu’on planta en haut d’une pique qu’un dénommé Rotondo se vanta d’avoir exhibée sous les fenêtres de la reine au Temple qui en défaillit d’horreur.