Après cette affaire, la vie de cet aventurier et escroc européen de haut vol, qui comptait parmi ses crédules victimes les plus grands noms de France, tomba de Charybde en Scylla pour finir dans un cachot dont aucun de ses soit-disant pouvoirs ne réussit à le sortir.
Son dernier périple l’avait mené à Rome.
Le 27 décembre 1789, peu avant minuit, Cagliostro fut arrêté par la police romaine.
Maîtrisé et ligoté, on le mena aussitôt au château Saint-Ange, la prison du Vatican, où on le mit au secret. Après quatre mois d’emprisonnement son procès débuta le 4 mai 1790 et ne s’acheva que le 7 avril 1791.
La machine infernale des inquisiteurs s’abattit sur le mage. Pas moins de quarante-deux interrogatoires, dont un qui dura dix-sept heures. A ce rythme là, l’arrogance de Cagliostro s’effrita. Il finit par avouer tout ce qu’on voulait. En présence du pape on rendit sa sentence de mort à laquelle il réchappa après une abjuration publique.
C’était fini. Condamné à la détention à perpétuité, on l’enferma dans la forteresse de San Leo, près de Rimini, « sans espoir de grâce et sous étroite surveillance".
Au début, bien que logé dans une cellule dégradée et humide, son statut social et ses moyens financiers lui permirent d’être plutôt bien traité. Mais, petit à petit ses facultés mentales semblèrent l’abandonner. Piquant d’effroyables crises de colère, blasphémant à qui mieux-mieux, exigeant dans le même temps une chose et son contraire, Cagliostro épuisa la patience de ses geôliers.
Aussi, quand il fut repris après une tentative d’évasion qui faillit bien réussir, le gouverneur de la forteresse, pour éviter tout risque de récidive, le fit jeter dans la cellule « il pozetto » sorte de cul-bas-de-fosse « dont la seule voie d’accès était une trappe à trois mètres de hauteur ».