La même année, Alexandre Lenoir dut restituer l'essentiel de ses collections à leurs anciens propriétaires, publics ou privés. Le reliquat fut rassemblé pour partie en 1824 au Louvre, et pour partie en 1836 au musée de Versailles.
Certes sa méthode déclencha les plus violentes controverses parmi les historiens d'art et les archéologues. Pour certains, il a sauvé quantité d'œuvres d'art, pour d'autres il a agi comme un collectionneur, achetant, vendant des œuvres ou détruisant des monuments pour obtenir les pièces convoitées. Le résultat de son travail fut tout de même la sauvegarde d’œuvres d’art vouées à la dispersion ou la destruction.
Avec lui sont, entre autres, inhumés ses petit-fils et arrière-petit-fils :
► Alfred-Charles Lenoir (1850-1920), sculpteur spécialisé dans la statuaire, auteur du Monument à César Franck (square Samuel-Rousseau à Paris)
► André Lenoir (1880-1939), fils d'Alfred
► Claude Blanchecotte (1913-1993), architecte et neveu d’André Lenoir.