Le mauvais sort qui s’acharnait sur le pays fut-il l’origine de cette transformation ? Quoiqu’il en soit, il semble bien que le caractère de Jeanne se soit affecté au point qu’on l’accusa d’être d’une méchanceté pathologique. La rumeur se propagea : « Elle volait le sceau de son mari pour faire jeter les gens en prison ; elle apprêtait des bains empoisonnés pour les hôtes qui lui déplaisaient… ». On racontait aussi que le roi la battait pour la calmer. La peste, c’était le châtiment de Dieu contre une si « male reine ». La preuve, fut que le ciel, après l’avoir fait mourir de la peste, se montrait plus clément…ce que, bien sûr, les faits démentaient…
Bref, c’était une femme haïe de tous que Philippe fit mettre en terre et qu’il ne pleura guère.
Toutefois, ce fut bien dans le même caveau que Jeanne qu’il fut inhumé.
L’ouverture du cercueil de Jeanne, effectuée le 23 octobre 1793, présentait des os desséchés, un reste de quenouille ou fuseau et son anneau en argent.
Le plus étonnant fut la découverte, dans un petit caveau au pied du cercueil de Philippe V le Long, d’une cassette de bois presque pourri avec des inscriptions sur une lame de cuivre indiquant qu’elle contenait le cœur de Jeanne de Bourgogne supposé avoir trouvé sépulture en l’abbaye de Cîteaux. Erreur de lecture de Don Poirée et/ou de Don Draon, religieux de Saint-Denis et gardiens des chartes du monastère qui tinrent les procès-verbaux des exhumations du mois d’octobre 1793 ?
Son tombeau n'existe plus.