Dans le projet de mariage avec Marie-Thérèse d’Autriche, Marie n’avait surtout pas sa place. Séparés, les jeunes gens n’en continuèrent pas moins une correspondance active qui inquiéta le cardinal. Après une dernière entrevue qui ranima leur passion, Marie, apprenant l’éminence du mariage de Louis, eut le courage de rompre à la grande satisfaction de son oncle.
Avant de mourir, Mazarin négocia son mariage avec le prince Colonna, grand connétable de Naples, futur vice-roi de Naples et d’Aragon. Le 15 avril 1661, les noces furent célébrées par procuration et Marie partit pour Milan.
Durant sept à huit ans l’union fut heureuse. Marie mit au monde trois fils, puis sous prétexte de meurtrissures dues à son dernier accouchement, refusa tous rapports conjugaux. De son côté, son mari collectionnait des maîtresses de façon trop ostentatoire au goût de sa femme. A force de fréquenter les bals et les fêtes et de s'amuser librement, Marie finit par se discréditer. Eut-elle vraiment peur d'un époux violent ? Sa vie était-elle en danger comme elle le prétendit ? En 1672, elle s’enfuit en France avec sa sœur Hortense.
Refusant obstinément de réintégrer le foyer conjugal, elle vécut une vie d’errance à travers l’Europe, traversant son siècle « dans un tourbillon d’aventures et de mésaventures que commentaient toutes les cours d’Europe ».
Tout en l'aidant en lui procurant des passeports, Louis XIV, se méfiant des scandales que Marie avait l’habitude de semer derrière elle, l’a fit enfermer à l’abbaye d’Avenay. Elle s’en évada mais fut arrêtée sur l’ordre de son mari qui la poursuivait de sa fureur. Echappée de nouveau, poursuivant sa fuite éperdue, elle finit par trouver refuge à Saint-Sébastien. Colonna la fit enlever et jeter dans un cachot à l’Alcazar de Séville !
En 1689, après cinq mois d'enfermement et de misère, son mari trépassa après lui avoir demandé par écrit de lui pardonner. Au bout de dix-sept ans, Marie retrouvait sa liberté, sa fortune et ses enfants.
Malgré ses nombreux séjours en France, elle ne revit jamais son grand amour de jeunesse qu'elle précéda de trois mois dans la tombe.
Marie Mancini mourut à Pise et fut inhumée sur place dans l’église du couvent du Saint-Sépulcre. Son fils favori, le cardinal Charles, fit graver sur sa tombe "Cendres et poussière".
Sa sépulture est toujours visible.