Nommé officier de la Légion d’honneur et membre de l’Académie des Beaux-Arts en 1853, il prit ses fonctions de professeur à l’École des Beaux-Arts de Paris en 1857. Sa renommée atteignit l’Allemagne qui le décora l’ordre du Mérite de Prusse.
En 1863, de santé fragile, il rejoignit l’Italie son pays d’affection. Il mourut à Rome.
Hippolyte Flandrin fut inhumé au cimetière du Père-Lachaise et non pas en l’église Saint-Germain-des-Prés, pour laquelle il avait tant oeuvré, comme il le souhaitait. Dessinée par Victor Baltard, sa tombe est ornée d'un buste d'Eugène-André Oudiné.