Et depuis, tous les ingrédients sont réunis pour créer l’épais mystère qui enveloppe les restes de l’artiste, et qu’on tente régulièrement de percer de façon définitive… cette fois, mais toujours vainement jusqu’à présent. Il faut admettre qu’entre la démolition de la collégiale et ses premières fouilles archéologiques de 1863, la plupart des petites histoires relève du pittoresque et se perde dans des datations non renseignées. Bref, il se raconte beaucoup de choses dont aucune ne semble avérée.
Plus sérieusement, Léonard ne fut pas le seul à reposer dans la collégiale : on parle, entre autres, d’enfants de Charles VIII et d’Anne de Bretagne morts en bas-âge. Au moment de sa démolition, il existait de façon certaine plusieurs cercueils qui restèrent sous terre. Le corps du maître semblait perdu. Mais, en 1863, voulant peut-être en avoir le cœur net, Arsène Houssaye (1814-1890), alors inspecteur des Beaux-arts, entreprit des fouilles archéologiques à l’emplacement du chœur de la collégiale et qui mirent à jour un cercueil de pierre contenant :
-un squelette, la main droite placée derrière la tête