L’impitoyable guerre sous-marine pouvait vraiment commencer. On sait quels cruels tournants elle prit par la suite. Heureusement pour les Alliés, la découverte du code Enigma, leur permettant de décrypter tous les messages de l’amiral allemand, et l’entrée des Etats-Unis dans le conflit vinrent enfin compliquer les opérations des fameux U. boat.
Envoûté par Hitler, il devint « l’amiral du diable ». L’inflexibilité étant pour lui une vertu, il était inutile espérer de sa clémence. Véritable fanatique du national-socialisme, il encouragea la folie jusqu’au-boutiste du Führer dont il partageait l’aveuglement.
En avril 1945, terré dans son bunker berlinois, le Hitler le nomma son successeur. Dès son suicide, la responsabilité du pays échut à l’amiral. Dönitz, nouveau Führer donna d’abord l’ordre de refuser la capitulation sur tous les fronts.
Mais il fut rapidement délivré de cet encombrant héritage en se rendant aux Alliés le 7 mai 1945, sa reddition personnelle n’intervenant que le 23. Par la suite, il reprocha à Albert Speer d’avoir influencer Hitler sur sa nomination de chef d’état.
S’agissant des horreurs commises par les nazis, toutes les preuves ont aujourd’hui été trouvées de la connaissance qu’il en avait. Quand, témoins de certaines, de rares subalternes lui demandèrent d’intervenir, il répondit : « Je me garderais bien de compromettre mes bonnes relations avec le Führer ». On ne pouvait être plus clair.
Néanmoins, sa coopération avec les Alliés lui valut de n’être condamné qu’à dix ans de prison. Toutefois beaucoup le considéraient comme innocent, à commencer par l'amiral Nimitz qui, lors du procès de Nuremberg, à la demande de l’avocat de Dönitz, fit parvenir un témoignage pour le moins inattendu. Le témoignage admettait que les Américains, après les destructions de navires japonais, avaient eux aussi abandonné des survivants ! Bref, Dönitz n’avait rien commis de pire que ce que les Alliés avaient commis eux-mêmes. En octobre 1956, il fut libéré.
A sa mort, le gouvernement allemand interdit la présence d’officiers de la Bundesmarine à ses funérailles. Nombre d’entre eux passèrent outre cette interdiction et vinrent rendre un dernier hommage sur la tombe de celui que beaucoup considèrent encore comme un officier de valeur et un gentleman respecté de ceux qui l’avaient connu.