Engagé dans le nouveau Parti républicain, il fit alors une campagne contre l’esclave sans toutefois en demander l’abolition. En 1860, après une campagne méticuleuse, et bien que n’ayant reçu aucune voix du Sud, il fut élu président. Dès son arrivée à la Maison Blanche, onze Etats, qui formaient les Etats confédérés, se retirèrent de l’Union. Avant même de prendre ses fonctions, Lincoln se trouva face à une sécession. Or, rapidement, les « sudistes » s’emparèrent des forts et autres établissements fédéraux situés sur leurs territoires essentiellement agricoles. Côté « nordiste » c’était une industrie prospère, des capitaux à profusion et environ deux fois et demie d’habitants en plus. Nonobstant cette disproportion, la guerre dura quatre ans (1861-1865).
En plein conflit, sous la pression des républicains les plus radicaux, le 22 septembre 1862 Lincoln proclama l’abolition de l’esclavage qui s’étendit sur les Etats confédérés. Cependant, rien n’était prévu pour intégrer cette population sans ressource et souvent illettrée. Lincoln avait indiqué la voie à suivre lorsque les hostilités seraient terminées, notamment un traitement clément des Etats du Sud à l’économie ravagée, et avait décidé d'opérer très tôt la reconstruction du Sud par des programmes sociaux. Mais six jours après la reddition du général Lee, général en chef des armées des Etats confédérés, et un mois après sa seconde investiture, il fut assassiné
Abraham aimait profondément le théâtre, seul lieu où il pouvait s’évader. Ce 14 avril, il avait invité plusieurs personnes à se joindre à une représentation parmi lesquelles le général Grant et son épouse. Malheureusement, Mme Grant, choquée par les grossiers propos que Mme Lincoln,poussée par sa jalousie, avait tenu en présence de la générale, celle-ci refusa de se retrouver en compagnie de « la folle ». Grant déclina l’invitation et Lincoln se vit priver d’une protection militaire que lui aurait assuré la présence du général. Dans le même temps, le chargé de la protection du président, contraint de s’absenter, lui avait fait jurer de ne prendre aucun risque. Mais quand le destin a décidé de frapper…
John Wilkes Booth, sympathisant sudiste, réussit à s’introduire dans la loge présidentielle et tira une balle à bout portant dans la nuque de Lincoln.