Selon ses vœux, elle fut inhumée en l’église de la Sainte-Mère-de-Dieu devenue Sainte-Radegonde. Grégoire de Tours, son ami, assista à ses funérailles, pendant que Fortunat s’occupait de sa biographie. Elle reste une des grandes personnalités de son époque.
Son tombeau a été conservé dans la crypte. Ouvert une première fois, en 1412, il fut profané en 1562 pendant les guerres de Religion. Quelques ossements calcinés de femme ont été recueillis dans un coffret en plomb déposé dans le sarcophage.Personne ne peut affirmer qu'il s'agit bien des restes de Radegonde.
Basé sur le roman La Révolte des nonnes de Régine Deforges, un téléfilm diffusé au début des années 1990, sous le titre L'Enfant des loups, retraçait une grande partie de sa vie de moniale.