Jeanne allait sur sa quarantième année quand elle fut enceinte pour la neuvième fois. Le 4 février 1378, la petite Catherine venait au monde. Deux jours plus tard la vie quittait la reine. Charles fut profondément meurtri par la disparition de sa femme à qui il réserva des funérailles grandioses.
Pendant une semaine la dépouille de Jeanne resta exposée à l’hôtel Saint-Pol couverte d’u drap d’or et surmonté d’un dais vermeil. Puis ce fut la traditionnelle cérémonie funèbre à Notre-Dame le 14 février et l’ensevelissement à Saint-Denis.
L’ouverture de son cercueil, le mercredi 16 octobre 1793, laissa apparaître un reste de couronne, un anneau d’or, des débris de bracelets ou chaînons, un fuseau ou quenouille en bois doré à demi pourri, des souliers, en partie consommés, de forme très pointue brodés de fils d’or et d’argent.
Les restes de la souveraine furent jerés dans une fosse commune avant d'être ré-inhumés dans l'ossuaire de la basilique en 1817.
De son vivant, Charles avait choisi une chapelle dédiée à Saint-Santin (à l'est du portail sud du transept) qu’il plaça sous le vocable de Saint-Jean-Baptiste qui prit par la suite le nom de chapelle Charles V, ou caroline, qui était fermée par une grille.
C'est là que fut érigé un très beau tombeau, œuvre de Jean de Liège, avec deux gisants représentants le couple royal.
Saccagé à la Révolution, le gisant de Jeanne de Bourbon disparut dans la tourmente.
Celui que nous voyons exposé de nos jours, auprès de Charles V, provient de son tombeau d'entrailles de l'église des Célestins (Paris). Ceci explique sa taille réduite par rapport à celui de Charles V, ce qui n'était pas le cas du gisant disparu, ainsi que le sac sous sa main symbolisant le sac des entrailles.