Sachant conjuguer son état d’ecclésiastique et une fonction militaire, il acquit un ascendant universel sur l'armée des insurgés qui lui valut le surnom d’apôtre de la Vendée.
Mais bientôt, se réveilla l’ambition qui sommeillait en lui. Ne cédant pas un pouce de sa domination, semant partout la discorde, le respect qu’on lui vouait commença à faiblir d’autant qu’on le considéra comme responsable de la mort de Marigny (1795). Bien que devenu indésirable auprès de la plupart des chefs vendéens, la disparition de Marigny et son influence sur Stofflet allaient en faire le vrai chef de l'armée d'Anjou. A ce titre, il négocia la paix de 1795. Mais Stofflet reprit les armes ! S’étant donné rendez-vous dans un refuge que Bernier estima peu sûr, il s’enfuit en s’abstenant de prévenir Stofflet qui tomba aux mains des républicains.
Nommé, après l’exécution de ce dernier, agent général des armées royales et catholiques, il y vit le moyen de devenir un personnage de grande importance. Après le 18-Brumaire, il s'établit auprès du gouvernement consulaire comme le représentant des Vendéens. S’offrant comme médiateur, il fit signer la paix à Montfaucon-sur-Moine (28 janvier 1800).
Et c’est à cet arriviste dénué de scrupules, mais intelligent, que Bonaparte confia la négociation du Concordat (1801). Il ne la dirigeait pas mais, plénipotentiaire avisé, sans trahir Paris, il sut ménager Rome et réussit à merveille sa mission à l’origine de l’organisation des rapports entre les différentes religions et l’État dans toute la France de 1801 à 1905. Cela valait bien la plus enviée des mitres d’évêque, celle de Paris ! Mais trop marqué par la Vendée, il n’obtint qu’Orléans. Fort désappointé, on lui fit miroiter la succession de Monseigneur de Belloy, mais l'ambitieux en soutane mourut avant lui d’une fièvre bilieuse lors d’un séjour à Paris.
Tandis que son cœur était déposé en la cathédrale Sainte-Croix d’Orléans, Etienne-Alexandre Bernier fut inhumé dans le petit cimetière du Calvaire où sa tombe, qu'on ne peut plus ordinaire, ne porte pas ou plus d’inscription.Un bel égo muré dans l’anonymat...