A la mort de La Rochejaquelein, dont il fut un excellent second, Stofflet, comme Charrette de la Contrie, brigua le poste tant convoité de généralissime qu’il n’obtint pas bien qu’il ait évincé Marigny de la compétition d’une façon pour le moins critiquable.
En février 1795, jaloux de son autonomie, il fut le seul des chefs vendéens à ne pas ratifier les accords de la Jaunaye. Il ne céda que le 2 mai, pour reprendre, les combats peu après. Les combats, parlons-en ! Ses officiers les ayant peu à peu abandonnés, il ne restait plus à Stofflet qu’une poignée d’hommes pour les mener.
Caché dans une bauge de la forêt de Maulévrier avec cinq de ses officiers, on le prévint d’un rendez-vous avec des délégués royalistes à la métairie de la Saugrenière où il se rendit. Et l’inéluctable arriva.
Les Bleus, avertis qu’un groupe d’insurgés s’était réfugié à la Saugrenière, vinrent y cueillir Stofflet. L'abbé Bernier qu'il devait rencontrer, la sachant peu sûre, avait fui la cachette en s'abstenant de le prévenir... Après une vaine lutte dans laquelle, comme il le dira, il cherchait la mort, Stofflet fut arrêté, fouillé et ligoté. Dépouillé de ses vêtements et pieds nus, il marcha ainsi jusqu’à Chemillé avant d'être conduit à Angers.
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Déclaré coupable « d’avoir été pris les armes à la main », Nicolas fut mené le jour même, à 10 heures du matin, sur le Champ-de-Mars de la ville d’Angers avec quelque uns de ses compagnons pour être fusillé.
A la foule qui couvrait la place il clama : "Je vais nous apprendre qu'un général vendéen n'a pas peur des balles" puis, songeant à son pays natal, il demanda aux soldats qui formaient le piquet si l’un d’entre eux était lorrain. Un homme sortit du rang à qui il offrit sa montre.
Il repoussa ensuite le bandeau qu'on voulait lui appliquer sur les yeux et s'abattit en criant « Vive la Religion ; vive le Roi ! ».
Comme pour exorciser le courage exemplaire, intolérable défi, qu’il venait de montrer face à la mort, sa tête, tranchée au sabre, fut promenée à travers toute la ville. Récupérée par un phrénologue, elle est aujourd’hui au musée d’histoire et d’Art de Cholet.
Sa dépouille fut inhumée dans le vieux cimetière du Clon à l'emplacement de la rue actuelle de ce nom. Le cimetière disparut et fut remplacé par une usine elle-même détruite pour faire place à différentes rues. Aucune stèle n’ayant été érigée au cimetière, sa dépouille ne fut jamais retrouvée, à supposer qu’elle ait été cherchée.
Sa bravoure et son énergie n’avaient hélas pu compenser son entêtement, sa vanité, son manque de réflexion stratégique et politique, sa rudesse parfois excessive ainsi que l'exécution de Marigny. Un mois plus tard Charrette tombait à son tour.