Contraint de se cacher après la défaite de Savenay, il réapparut sur la scène au moment où Turreau semait l’horreur dans le sillon de ses colonnes infernales. Alors, Marigny, homme de rigueur et de discipline au caractère gai mais souvent emporté, sombra lui aussi dans une extrême violence.
Auréolés du souvenir de leur courage et des circonstances de leur mort tragique, on en oublie souvent que certains grands noms des guerres de Vendée étaient aussi pourvus d’une solide ambition. Aussi quand la mort de La Rochejaquelein laissa vacante la place de généralissime, furent-ils plusieurs à prétende à ce poste tant convoité. Celui qui ne respecterait pas ce serment risquait d’être condamné à mort. L’occasion de prouver leur union se présenta tout de suite aux Mauges. Bien que dorénavant l’artillerie soit quasi inexistante, Stofflet qui, comme Charrette, jalousait les talents militaires de Marigny, lui demanda d’abandonner son commandement de l’armée du bocage pour diriger une artillerie fantôme.
Est-ce sciemment que Stofflet fit cette demande en sachant très bien que Marigny ne pourrait pas y souscrire ? Le résultat fut que Marigny, furieux, quitta la réunion et le lendemain, la bataille des Mauges se solda par une défaite qu’on s’empressa d’imputer à Marigny. Ce dernier, bien que condamné à mort par ses pairs le 24 avril 1794, sauf par Sapinaud, continua à se battre avec son armée.
En juillet, malade, il trouva asile au château de la Girardière près de Combrand. Peu après, les hommes de Stofflet l’y dénichèrent et l’abattirent transformant un assassinat en exécution dont l'abbé Bernier fut tenu pour bonne partie responsable. Ce crime provoqua l'indignation générale. Des milliers de Vendéens déposèrent les armes, notamment dans la région de Bressuire.
Il fallut attendre 1936, pour que l'association "le Souvenir Vendéen", chargée de transmettre la mémoire de ce qui touche aux guerres de Vendée, érige un monument à l'endroit où Marigny fut exécuté. Peu de chose mais mieux que rien. Difficile de reconnaître les actes honteux des héros de l’histoire…
En 1844, son neveu, Augustin de Mont de Benque, fit élever sur sa tombe un monument en forme de pyramide que l’on retrouve dans le cimetière actuel de Combrand. Cependant, cette tombe se trouvait à l’origine dans l’ancien cimetière qui fut transféré, en 1904, à l’emplacement actuel. Lors du transfert des ossements, on découvrit que la tombe contenait plusieurs squelettes dont celui de M. Serin de la Cordinière et un autre dont le crâne était perforé d’une balle. Ce dernier ne pouvait être que celui de Marigny, qui ne fut pas tué tout de suite mais achevé à coup de pistolet.