En 1793, entré au Comité de salut public, il y devint un spécialiste de la Marine.
La plupart de temps en mission pour tenter de remettre de l’ordre dans une marine en totale décomposition et minée par l’insubordination, il resta à l’écart des affrontements entre factions.
Absent de Paris au moment de la crise du 9 thermidor, qu’il désapprouvait, il demanda son rappel à plusieurs reprises, mais ne l’obtint que le 29 janvier 1795. Le 1er avril, il réclama l’organisation d’un gouvernement républicain et, le 10 mai, demanda la suppression du Tribunal révolutionnaire. Mais, le 28, au lendemain de l’insurrection du 1er prairial, il fut dénoncé et décrété d’arrestation, notamment à la suite d’accusations portées contre lui par les habitants de Brest, et qu’il tenta de réfuter.
Incarcéré quelques mois, il fut libéré à la faveur de la loi d’amnistie générale « pour les faits proprement relatifs à la Révolution » votée le 26 octobre 1795.
Sur la recommandation de Carnot, le Directoire le nomma consul général à Alger, puis à Smyrne (1798) au moment où l’Empire ottoman rompait ses relatons diplomatiques avec la France. Il fut arrêté et croupit en prison jusqu’en 1801. A sa libération, Bonaparte le nomma commissaire général des départements de la rive gauche du Rhin et préfet du Mont-Tonnerre, en résidence à Mayence où il se distingua comme un excellent administrateur, honnête et efficace doté d'un franc-parler typique du personnage.
Fait officier de la Légion d’honneur (1804) et baron de l’Empire (1809), sous le titre de « baron de Saint-André », il mourut victime du typhus assisté par un pasteur calviniste.
Décédé à Mayence, Jeanbon Saint-André fut inhumé dans le cimetière principal de cette ville où sa tombe existe toujours.