Elu par la Côte d'Or au Conseil des Anciens, il s’y montra un spécialiste des questions économiques et monétaires. Ayant peut-être soutenu financièrement le coup d'Etat de Brumaire, il jouissait de la confiance évidente de Bonaparte qui, après l'avoir fait nommer membre de la commission intérimaire chargée de l'élaboration de la Constitution de l'an VIII, le nomma sénateur et conseiller d'Etat (1799). En 1801, il fut l'un des trois signataires français du Concordat. Directeur général des Ponts et Chaussées et du Cadastre, il fit preuve d'une activité débordante : imposa la voie transalpine par le mont Cenis, réorganisa le réseau routier rayonnant en étoile depuis Paris, réglementa le poids des voitures, fit aménager les quais de la capitale et reprit les travaux des canaux. Il enleva au ministère de la Marine les travaux des ports de commerce, s'occupa de la fixation des dunes de Gascogne, réorganisa l'Ecole des ponts et chaussées et le corps des ingénieurs, etc., etc.
Devenu le premier gouverneur de la Banque de France, il fit en sorte de la placer encore davantage sous la tutelle de l'Etat.
Devenu ministre de l'Intérieur en 1807, il contresigna le décret qui organisait l'Université impériale (1808).Mais à force, il finit par se tuer à la tâche. Malade, épuisé, il démissionna de sa charge ministérielle, que reprit Fouché, et mourut deux mois plus tard.
Après ses funérailles en l’église Saint-Thomas d'Aquin à Paris, selon la volonté de l’Empereur, Emmanuel Crétet fut inhumé au Panthéon, caveau III. Son cœur et ses entrailles furent déposés au cimetière d’Auteuil, sa commune natale rattachée, par la suite, à Paris.