En dépit de quelques échecs et d’interdictions dues aux circonstances politiques, Stratonice (1792) ou bien Mélidore et Phrosine (1794), consolida sa réputation. La Révolution allait lui donner l’occasion d’exercer son talent. Auteur de nombreux chants patriotiques, dont le célèbre Chant du départ (1794) sur un poème de Chénier, et de pièces de propagande, son engagement fut récompensé par sa nomination à l’Institut de France en 1795. Parvenu à une gloire qui le plaçait au-dessus des musiciens contemporains, la même année, il compta parmi les fondateurs du Conservatoire de Paris dont il fut l’un des membres les plus dynamiques et où il exerça jusqu'en 1816.
De 1807 à 1812, il n’écrivit que la musique des ballets le Retour d'Ulysse, et Persée et Andromède.
C'est que depuis le retour aux mœurs du passé, son génie était comme dépaysé ; son art n'était plus à sa place dans une société revenue à la frivolité.
Le peu d'effet produit par ces symphonies sur les habitués des concerts du Conservatoire fut la cause d'un de ses plus vifs chagrins. Malgré le travail apporté, elles furent ressenties sans charme, sans mélodie, sans abandon. Et pourtant, de nos jours au moins deux d’entre elles (en sol mineur et en ré majeur) sont estimées tout à fait remarquables.
Il ne trouva d'apaisement qu'en se retirant loin des coteries, pour se vouer à l'éducation de ses élèves de composition au Conservatoire, à ses travaux de l’Institut et à son amour des fleurs. Il travaillait encore, mais plutôt entraîné par la force de l'habitude que par une vive impulsion de son génie.
Découragé, il sentait sa santé s'altérer sensiblement. Atteint de phtisie, il partit à Hyères pensant que l’air de Provence aiderait à sa guérison. Outre le fait que, écrivait-il : « Pour un peu de soleil, j'ai rompu toutes mes habitudes, je me suis privé de tous mes amis et me trouve seul, au bout du monde, dans une auberge, entouré de gens dont je puis à peine entendre le langage », il était trop tard.Il mourut prématurément quelques mois après son retour à Paris laissant derrière lui une trentaine d’opéras qui devaient profondément influencer un de ses grands admirateurs, Berlioz.
Enthousiaste de la gloire, jaloux de sa réputation, mais étranger à l'intrigue, il ne chercha jamais à obtenir par la faveur les avantages attachés à sa renommée même contre son principal rival, Cherubini.
Et pendant que l’Académie royale de Munich faisit exécuter un chant funèbre dans une de ses séances, et que les journaux allemands s’empressaient de donner des éloges à son talent, à Paris, on organisait ses funérailles grandioses qui eurent lieu en l’église Saint-Vincent–de-Paule le 21 octobre. Puis, un imposant cortège le mena jusqu’au Père-Lachaise. Sa tombe fut restaurée ou reconstruite dans les années 1980.