En 1788, il organisa le "Théâtre de Monsieur" créé par le Comte de Provence (futur Louis XVIII) pour les représentations d'opéras bouffes italiens. Lodoïska, représentée le 18 juillet 1791 au théâtre Feydeau fut un triomphe. Cherubini traversa sans encombre la Révolution au sein de l'Institut National de Musique et en qualité d'inspecteur du Conservatoire. Il y enseigna la composition auprès de collègues comme Méhul, Gossec et Grétry et produisit quelques unes de ses oeuvres majeures comme Médée (1797).
Ecarté par Napoléon qui lui préférait Gaspare Spontini, Cherubini fut accueilli à Vienne, entre autres par Joseph Haydn, et y dirigea plusieurs représentations. De nouveau en proie à des difficultés financières, il abandonna définitivement la musique à son retour en France pour se consacrer à la botanique et la peinture. Il écrivit encore de la musique religieuse et un opéra en 1813.
Nommé surintendant de la musique royale à la Restauration, surintendant de la chapelle royale comme son collègue Jean-François Lesueur, Cherubini composa plusieurs messes commémoratives, pour le couronnement de Louis XVIII et de Charles X, ainsi qu'un Requiem pour la mort de Louis XVI. Directeur du Conservatoire de Paris entre 1822 et 1842, il contribua à la renommée internationale de l'établissement et se consacra exclusivement à l'enseignement à partir de 1837. Parmi ses élèves, il est à noter Halévy et Auber. Beethoven en parle comme du meilleur compositeur de son époque.
Un mois avant sa mort, il eut l’honneur d’être le premier musicien promu au grade de Commandeur de la légion d'honneur. Son Requiem en ré mineur, composé pour l'occasion, fut joué lors de ses obsèques nationales à l'église Saint-Roch. Cherubini fut inhumé au cimetière du Père-Lachaise où sa tombe, financée par une souscription nationale, fut conçue par Achille Leclère et sculptée par Augustin Dumont.