En décembre 1901, le président Théodore Roosevelt, qui était devenu son ami, le nomma collecteur douanier à El Paso, charge qu'il occupa cinq ans. Probablement à cause de laprésence d'un de ses amis, joueur tristement célèbre nommé Tom Powers, à une réunion des Rough Riders* de San Antonio, Roosevelt, embarrassé par le mélange des genres, ne le reconduit pas dans sa fonction. *Nom donné au 1er régiment volontaire de cavalerie, l'un des trois régiments de ce type levés en 1898 pour la guerre hispano-américaine et le seul des trois qui vit le feu. Ils devinrent les Roosevelt's Rough Riders, du nom de leur nouveau commandant, Theodore Roosevelt, le futur président des États-Unis.
Il finit par acquérir un ranch au Nouveau-Mexique. Manifestement plus doué pour mettre la main au collet d’un hors-la-loi que pour l’exploitation de son domaine, Pat se mit à boire et à se quereller avec ses voisins.
En ce jour fatal qui le vit passer de vie à trépas, il était en route vers son ranch avec J. Brazel et C. Adamson quand une envie pressante et naturelle l’obligea à s’arrêter. Alors qu’il se soulageait, il reçut une balle dans la tête. Faisant volte face, une autre balle vint se loger dans son ventre. Pat s’écroula.
Bien que J. Brazel ait avoué ce meurtre, de nombreux historiens pensent qu’un certain Jim Miller était en fait le vrai coupable.
Il n'y avait aucun cercueil assez grand dans la ville pour Garrett dont le corps mesurait six pieds et quatre pouces. Ainsi resta-t- étendu dans le hangar des pompes funèbres jusqu'à ce qu'un cercueil soit envoyé d'El Paso. Une foule de badauds était venue pour voir l'homme qui avait tué Billy le Kid. Un service se tint le 5 mars dans Las Cruces. Il fut inhumé à côté de sa fille Ida, morte huit ans plus tôt. Par la suite, Brazel fut acquitté et Miller pendu mais pour d’autres méfaits.
Outre Garrett, neuf personnes reposent dans le carré familial: sa femme Apolonaria, et huit de leurs dix enfants parmi lesquel son plus jeune fils, Jarvis, décédé en 1991.