Chargé par Bonaparte de présenter les drapeaux pris à l’ennemi au Directoire, il exécuta pour celui-ci le coup d’Etat du 18-Fructidor, mais fut déçu ne pas être ensuite choisi comme directeur. Le Directoire qui, semble-t-il, se méfait de lui parce qu’il rêvait de jouer un rôle politique en affichant ses convictions révolutionnaires, l’éloigna de Paris en le plaçant à la tête des armées d’Allemagne et du Rhin à la mort de Lazare Hoche (1797).
Elu député de la Haute-Garonne au Conseil des Cinq-Cents où il siégea à gauche, après avoir marqué son indépendance et manifesté son hostilité au coup d’Etat du 18-Brumaire, il finit par rallier Bonaparte. Ce dernier lui confia alors le commandement de l’armée franco-batave de Hollande et il contribua à la victoire de Hohenlinden (1800).
De retour en France, fatigué, il se reposa quelques années dans ses terres de la Houssaye (Seine-et-Marne).
Présent au sacre de Napoléon, fait maréchal (1804), il fit les campagnes d’Autriche, de Prusse, s’empara de Berlin (1806) et fut créé duc de Castiglione (1808).
Envoyé en Espagne, il y essuya quelques revers et battit en retraite à Barcelone ce qui lui valut d’être rappelé par l’Empereur et de connaître une disgrâce momentanée.
Reprenant du service, après la campagne de Russie, il se distingua à Leipzig. Mais, en 1814, chargé de la défense de Lyon durant la campagne de France, à la nouvelle de l’abdication de l’Empereur, il capitula et délia l’armée de ses serments.
A l’arrivée de Louis XVIII, il se soumit au nouveau souverain et lança sa fameuse proclamation : « L’Empereur après avoir immolé des millions de victimes à sa cruelle ambition, n’a pas su mourir en soldat ».
Nommé pair de France et commandant d’une division, il tenta vainement de retrouver les faveurs de Napoléon durant les Cents-Jours. Mais, considéré comme un traître, l’Empereur, qui ne lui pardonna jamais d'avoir été « le défectionnaire de Lyon », préféra le rayer des listes des maréchaux.
Finalement, ce soldat intrépide mais indécis, excellent divisionnaire mais qui avait du mal à commander plusieurs divisions, se retira à la Houssaye pour jouir en paix de l’immense fortune cumulée par ses célèbres pillages dont il ne profita guère longtemps. Il mourut peu après d’une hydropisie de poitrine.
Pierre Augereau fut d’abord inhumé dans le petit cimetière de La Houssaye, jouxtant l’église Saint-Nicolas, où il rejoignit sa seconde épouse, Jeanne Françoise de Launay, baronne de Chavanges (1772-1812).
A la désaffection du cimetière (1854), la stèle funéraire, en forme de sarcophage double, passa du chevet de l’église à l’intérieur de l’édifice.