Dénoncé pour trahison par Pichegru, que soutenait Saint-Just, comme membre du club des Cordeliers, il fut arrêté le 1er avril 1794 et ne sortit de prison qu’à la chute de Robespierre en juillet.
On lui confia alors le soin de calmer l’insurrection dans l’Ouest où il sut apaiser les tensions religieuses en pratiquant une politique de tolérance à l’égard des prêtres réfractaires. Il rétablit la discipline, adopta une tactique efficace contre la guérilla vendéenne et signa le traité de La Jaunaye avec Charette (15 février 1795) mettant fin à la guerre. Mais celle-ci reprenant, après avoir écrasé les émigrés débarqués à Quiberon (21 juillet), il détruisit les derniers espoirs des royalistes.
En février 1797, prenant le commandement de l’armée de Sambre-et-Meuse, il franchit le Rhin, battit les Autrichiens à Neuwied, accrocha encore quatre victoires. Il envisageait d'enlever d'un seul coup l'armée ennemie, quand l'armistice de Leoben, conclu par Bonaparte, l’arrêta net dans sa lancée.
S’estimant trop jeune pour accepter le ministère de la Guerre, il le refusa et reçut le commandement d'un corps d'armée destiné à déjouer les intrigues que le parti de Clichy entretenait contre le Directoire.
Objet de dénonciations calomnieuses de ses ennemis, il perdit ce commandement et n’obtint jamais les juges qu’il demandait pour leur rendre un compte solennel de sa conduite. Il retourna à son quartier général de Wetzlar (Allemagne) où le terme de sa glorieuse carrière approchait.
Il tomba subitement malade dans les premiers jours de septembre 1797, et mourut le 19 au milieu des plus cruelles douleurs victime de la tuberculose. Des honneurs funèbres furent rendus à sa mémoire, tant à l'armée qu’au sein de la République. Même la Vendée organisa des funérailles d'honneurs pour celui qui y avait ramené la paix.