Démissionnaire de l’armée, malgré les tentatives de le rallier, comme lui envoyer le titre de commandeur de la Légion d'honneur, ou le nommer gouverneur de Pavie, puis de Rome en tant que surveillant des États pontificaux, son hostilité affirmée à l’égard de Napoléon Ier, sa propagande républicaine et ses rapines clouèrent définitivement sa carrière en 1805, avant qu’il ne soit emprisonné pour complot en 1809.
Pour ce comploteur invétéré, sorte de fox-terrier du genre, cette conjuration fut suivie d’une nouvelle tentative fomentée de sa prison qui avorta, elle aussi. Ne désespérant pas d’arriver à ses fins, de la maison de santé où il avait été transféré, avec d’autres détenus politiques, notamment des royalistes, il noua une alliance contre l’Empire pour mettre en place la célèbre « conspiration Malet ».
Ce coup d’Etat consistait à faire abolir le gouvernement impérial par le Sénat qui validerait dans la foulée un gouvernement provisoire. Malet prendrait en charge le commandement militaire de Paris. Comme dans les précédents projets, la réussite de celui-ci n’était possible qu’avec l’éloignement de Napoléon. Il fallait alors impérativement profiter de la confusion qu’entraînerait l’arrestation des principaux tenants du pouvoir en l’absence de l’Empereur.
L’incroyable coup d’Etat
Dans la nuit du 22 octobre 1812, Napoléon faisant campagne en Russie, Malet s’évada et se présenta en uniforme à la caserne de Popincourt où, sous le nom du général Lamotte, il annonça la mort de Napoléon ! Entraînant la 10e cohorte de la garde nationale derrière lui, il délivra les généraux Guidal et Lahorie enfermés à la prison de la Force, et auxquels il annonça le soi-disant trépas de Napoléon.
On délivra également un corse, nommé Boccheciampe qui, totalement hébété, fut nommé sur place préfet du département de la Seine !
Tandis que ces trois là sortaient de la prison, le préfet de police Pasquier, le chef de la sûreté Desmarets et le ministre de la Police Savary, arrêtés sur ordre de Malet, y faisaient leur entrée. Dans une sorte de chassé-croisé ubuesque, le lendemain les mêmes auraient pu se recroiser en sens inverse !
Une troupe ayant pris position à l’Hôtel de Ville, le préfet de la Seine, Frochot, à qui on avait promis un portefeuille, prépara la salle que le gouvernement provisoire devait venir occuper.
Nonobstant quelques cafouillages, dans l’ensemble tout se passait comme prévu et Malet semblait maître de la Ville quand un gros grain de sable vint enrayer la mécanique.
Jusqu’à présent, sauf émettre des protestations, aucune résistance notable n’avait menacé le coup d’Etat. Il n’en alla pas de même lorsqu’au matin, Malet se présenta chez le général Pierre-Auguste Hulin, gouverneur de Paris, pour l’arrêter à son tour. Loin d’être un imbécile, Hulin réagit violemment en demandant des explications. Sentant que l’évènement lui échappait, Malet tira sur lui et lui fracassa la mâchoire. Puis, tranquillement, il se rendit à l’état-major de la première division militaire où il débita son histoire à Doucet, chef d’état-major de Hulin. Mais Doucet et son assistant, Laborde, ne furent pas dupes de l’imposture. Ils lui sautèrent dessus et le désarmèrent. La troupe, avertie qu’elle avait été trompée et honteuse de sa crédulité, retourna sa veste.
C’était fini pour Malet qui s’était dévoué à une perte certaine. L’affaire n’avait duré que quelques heures.
Lahorie et Guidal furent rapidement arrêtés. Plutôt que d’exécuter toutes ses instructions, on trouva ce dernier, la fourchette à la main, dans un restaurant où il était allé déjeuner après avoir pris possession du ministère de la guerre.
Restait à juger rapidement et de façon exemplaire les coupables et leurs complices avant le retour de Napoléon dont on pouvait craindre les réactions. Et chacun de trembler à l’idée d’être la cible de sa colère qui fut effectivement fort grande. Le complot avait surtout laissé apparaître de manière éclatante la faiblesse de la dynastie impériale : à l’annonce de la mort de l’Empereur, personne n’avait songé à son fils, le roi de Rome !
Il n’apprécia pas davantage la précipitation de la commission à juger et à appliquer la même peine au chef de la conspiration et à de simples comparses, en violation des formes les plus ordinaires de la justice.
Il est vrai que la justice fut expéditive. Une commission militaire fut immédiatement constituée devant laquelle, on déféra vingt-quatre hommes pour la plupart victimes de la mystification. Bien que Malet assumât l'entière responsabilité des opérations, le 29 octobre Malet, Guidal, Lahorie et neuf autres personnes, dont Boccheciampe, le très éphémère préfet de la Seine, furent condamnés à mort.
Menés en voitures jusqu’à la plaine de Grenelle, Malet en tête, les condamnés, calmes et presque tous silencieux, se mirent sur un rang face au peloton en présence d’une foule nombreuse. Il fallut plusieurs salves pour en venir à bout.