Entre temps, la fortune lui souriant, il acheta une villa dans le village toscan de Torre del Lago (La Tour du Lac), où il put travailler et surtout abriter ses amours avec Elvira Gemignani (1860–1930), sa maîtresse, une femme mariée, qu’il épousa en 1904 quand elle fut veuve…
Son troisième opéra, Manon Lescaut, créé à Turin (1894) remporta un vif succès.
Etonnamment, trois de ses œuvres les plus célèbres, devenues des standars, ne remportèrent pas de suite les suffrages.
La Bohème (1896), considéré comme l'un des meilleurs opéras romantiques, attendit plusieurs représentations avant d’assurer à Puccini un succès mondial, malgré les critiques.
La Tosca (1900), pourtant marqué par la ferveur patriotique, essuya un cinglant revers de la critique. Mais le public, d'abord réticent, en fit rapidement un grand succès populaire, notamment après sa reprise à la Scala sous la baguette d'Arturo Toscanini.
De même, le fiasco de Madame Butterfly (1904), ne se transforma en un de ses grands succès classiques que trois mois après sa première représentation et une révision drastique.
En revanche, La Fanciulla del West (1910), premier du genre « opéra spaghetti », créé au Metropolitan Opera de New York, fut un triomphe immédiat.
Après la création de Il trittico (1918), il signa son dernier opéra qui resta inachevé, Turandot (1924), pour cause de décès du compositeur. Pour le duo final, Puccini avait rêvé d’inédit et de fantastique comparables à une grande scène wagnérienne, à la mesure de son Nessun dorma. Sous la pression de Toscanini, qui devait donner une représentation de cet opéra, Franco Alfano (1875-1954) termina les deux dernières scènes. Mais, bien que bon compositeur, il n’avait pas le génie du maître et, Toscanini s’employa à supprimer son travail, livrant une version retaillée, reprises par tous, jusqu'à la réhabilitation de la version d’Alfano (1982).
Après une brève agonie, mourut à Bruxelles des suites cardiaques dues à un cancer de la gorge. .La cérémonie funèbre eut lieu en l’église Sainte-Marie dans le quartier italien en présence de quelques officiels et d’une foule d’anonymes venus rendre hommage au maestro. Des curieux, aussi.