L'instrument le plus efficace dont il disposait dans cette entreprise de sauvetage privée était le statut privilégié qui lui avait été accordé par l'Inspection des armements militaires en Pologne occupée et dont jouissait son usine en tant qu’ « entreprise indispensable à l'effort de guerre ».
Dorénavant interpellé par le sort de « ses »juifs, et ayant pris parti pour eux, il usa de son influence, utilisa la corruption, et intervint souvent pour éviter leur déportation vers les camps d’extermination, ou tenter de limiter les brutalités et les assassinats arbitraires qui faisaient le quotidien du camp. Pour démontrer qu'ils étaient indispensables à l'effort de guerre, il ajouta à Emalia une division de fabrication d'armes.
Tout cela n’était pas sans risque. Soupçonné de corruption et de fournir une assistance illicite aux Juifs, il fut arrêté trois fois mais sans être inculpé.
A la fin de l’année 1944, face à l'avance soviétique, Płaszów et tous ses sous-camps furent évacués et la plupart des prisonniers du camp envoyés dans des camps d'extermination. Mais Schindler parvint à obtenir l’autorisation officielle de continuer la production dans l'usine que lui et sa femme avaient établie à Brünnlitz (act. Brněnec) dans sa région natale où il fit venir ses travailleurs juifs.
La production de cette usine d'armement était si ridicule qu’il en falsifia les chiffres pour justifier son existence et la présence de ses travailleurs. Mais en ayant fait classer l’usine comme sous-camp du camp de concentration de Gross-Rosen, il facilita leur survie. C’est là que fut tapée et carbonnée dans l’urgence dans les derniers jours de la guerre, le 18 avril 1945, la fameuse liste comprenant environ 1200 noms. A cet acte, sen rajoutèrent d’autres d'une remarquable humanité.
Bref regard sur cette fameuse liste.
Elle n'aurait pas été écrite par Itzhak Stern, mais par Marcel Goldberg, personnage controversé puisqu'il fut accusé d'avoir demandé des pots-de-vin aux juifs qui voulaient faire partie de la liste, retirant du même coup les noms d'autres personnes. L’une fut retrouvée en 1999 dans le grenier de la maison de Schindler à Hildesheim. La valise dans laquelle elle se trouvait contenait près de sept mille photos et documents. La totalité du contenu est maintenant au musée de la Shoah de Yad Vashem à Jérusalem.
A l’origine, il aurait existé sept exemplaires de cette liste dont il n’en reste que quatre dans le monde : deux à Yad Vashem, un au musée de l'Holocauste à Washington. Longtemps conservé par la famille d'Itzhak Stern, en 2010, son neveu, Nathan Stern, vendit le quatrième exemplaire de 801 noms sur 13 ou 14 pages carbonées et jaunies, à un collectionneur privé anonyme qui l’acheta comme un investissement pour 2,2 millions de dollars. En juillet 2013, elle était de nouveau remis en vente sur le site d’eBay, à l'initiative d'Auction Cause et ce dans un but caritatif avec une mise à prix à 3 millions de dollars.