Lorsque le torchon commença à brûler entre les Montagnards et les Girondins, Boyer-Fonfrède s’efforça vainement avec Ducos d’éviter la rupture entre les deux clubs. Bien qu’épargné par la proscription du 2 juin, il cria si haut et si fort sa désapprobation sur les arrestations des Girondins, dont particulièrement celle de Vergniaud, qu’il fut dénoncé par Billaud-Varenne comme ami de ce club. Arrêté, il rejoignit Vergniaud à la Conciergerie le 2 octobre, fut jugé lors du même procès que les Girondins et mourut avec eux sur l’échafaud, accompagné de son beau-frère.
Inhumé au cimetière de la Madeleine, ses restes se trouvent certainement parmi ceux retrouvés dans une chambre murée de la chapelle expiatoire érigée sur le cimetière.