Détaché du monde, Charles conservait malgré tout un regret : ne pas pouvoir assister à ses propres funérailles ! Qu’à cette envie ne tienne ! et Charles organisa une sorte de répétition où, bien naturellement, il conservait le premier rôle. Mais on ne provoque pas impunément son Créateur…
A l’issue de cette cérémonie pour le moins macabre, Charles alla se réchauffer d’un déjeuner au soleil et attrapa une insolation. Au vue de ce qui précède, Dieu considéra que sa créature, au corps torturé et épuisé, était prête, et la rappela auprès de lui trois semaines plus tard.
Dans son testament de 1554, Charles avait exprimé deux choix possibles concernant le lieu de sa tombe: la chapelle royale de Grenade ou dans la ville la plus grande et la plus proche de son patrimoine en cas de décès en Espagne.
Puis, l'idée lui vint d’être inhumé provisoirement au monatère hiéronymite de Yuste chargeant son fils de choisir par la suite le lieu de sa sépulture définitive.
Un codicille précisait qu’il souhaitait « être inhumé sous l’autel de la modeste église du monastère en signe « d’éternelle humiliation » « la moitié du corps en dedans, l’autre moitié en dehors de l’autel de façon que le prêtre, en disant sa messe, pose les pieds sur sa poitrine et sur sa tête », et que les restes de sa femme Isabelle l’y rejoignent.
La bienséance voulait qu’il reposât au panthéon de Grenade auprès de ses parents et de sa femme mais, Philippe II estimant qu’il faudrait un endroit plus digne pour recevoir les dépouilles impériales, fit bâtir le « complexe » de l’Escurial. En attendant, Charles resta à Yuste.