Devenu chef de la S.A., milice privée au sein du parti nazi, Röhm continua à donner libre cours à sa violence et à celle de ses hommes ce qui, avec le temps, s’opposa à l’ambition politique d’Adolf Hitler. Or, à la tête du pouvoir, il ne pouvait y en avoir qu'un.
En 1933, se sentant trahi, Röhm se tourna vers des industriels anglais dans le but de renverser le chef du parti nazi.
Fin juin 1934, les SA s’étaient réunis pour une conférence dans une auberge à Bad-Wiesse. Le 30, vers 6 heures 30, une partie des forces SS cernèrent le lieu. D’autres SS, menés par leur commandant Sepp Dietrich, suivi d’Hitler qui a fait le déplacement, pénétrèrent dans l’auberge. Surpris dans leur sommeil et leur intimité, les SA furent éjectés de leurs lits pendant que certains étaient tués.
Emmenés dans la prison munichoise de Stadelheim, ils furent tous exécutés sommairement sauf Ernst Röhm à qui, pour ses bons services rendus au parti, Hitler était prêt à pardonner. Mais sous la pression de Göring et d'Himmler joints par téléphone, Hitler fut contraint d’aller jusqu’au bout. Dernier geste « amical », il proposa à Röhm de se suicider. Invitation que celui-ci déclina en lui disant de tirer lui-même. Deux SS se chargèrent de son assassinat. Ce jour-là et dans ceux qui suivirent, par dizaine les SA furent traqués dans toute l’Allemagne et exécutés.
Ernst Röhm fut inhumé dans un caveau familial. Sa sépulture continue à être honorée par des membres de l’extrême droite et des homosexuels.