Soutenant au nom du roi d’Espagne les catholiques français, Farnèse, tenant le Nord de la France et la Bretagne, réussit longtemps à tenir en échec Henri IV qui, sans lui, aurait pris Paris et Rouen plus rapidement. Ce fut après sa victoire sur Henri IV à Rouen qu’il fut blessé aux bras lors de la prise de Caudebec. Il mourut religieusement à l’abbaye de Saint-Vaast d’Arras où il avait été transporté. Henri IV fut sensible à la perte de cet adversaille redoutable dont les victoires contribuèrent à l'aspect géopolitique de l'Europe moderne.
Puis, sa dépouille, revêtue des habits des capucins, rejoignit son épouse, la princesse Maria de Portugal, qui l’avait précédé dans la tombe en 1577 dans l’église Santa-Maria des Capucins de Parme.
En 1823, Marie-Louise d’Autriche, alors duchesse de Parme, ordonna la réalisation d’une crypte pour y conserver les sépultures des ducs des maisons de Farnèse et de Bourbon--Parme, entre autres, celles d'Alexandre et d'Octave Farnèse.