Décrété d’accusation comme chef d’une conspiration contre la République, Brissot s’enfuit.
Il fut arrêté à Moulins lors de la proscription de son club par les Montagnards. Ramené à Paris et jeté à la prison de l’Abbaye. On le disait riche à millions et royaliste ! En réalité, Brissot était malade et sans ressources au point que ses amis durent se cotiser pour lui fournir de quoi subsister dans sa geôle.
Comme une vingtaine de ses amis girondins, il fut transféré à la Conciergerie et guillotiné. Inhumé au cimetière de la Madeleine, ses restes se trouvent certainement parmi ceux retrouvés dans une chambre murée de la chapelle expiatoire érigée sur le cimetière.