Custine guillotiné, Houchard fut désigné à sa place à la tête de l’armée du Nord. Après avoir été vainqueur des Anglais à Hondschoote et pris la ville de Manin, au lieu de poursuivre l’ennemi en déroute, le général Houchard se retira ; cinq jours plus tard la belle victoire se transforma en une débâcle qu’on ne pouvait d’autant moins lui pardonner qu’ à une missive des Représentants du peuple l’enjoignant à foncer :
« …Avec une pareille armée, citoyen Général, rien ne vous est impossible. Partez, marchez, agissez, la victoire est à nous », il avait répondu :
« …Enfin quand chacun remplira sa tâche avec zèle, avec une assiduité infatigable et nécessaire, nous irons tous ensemble, et vous en serez contents et la République aussi. Vive la République, vive la Représentation nationale ». Il avait failli à son engagement par excès de prudence.
Jusqu’alors le Comité de salut public avait placé les généraux entre la crainte de l’échafaud et l’obligation de la victoire. L’armée du Nord allait inaugurer une nouvelle catégorie, celle des généraux destitués ou mis à mort pour n’avoir pas suffisamment battu l’ennemi : Houchard fut le premier à en faire les frais.
Destitué et arrêté le 23 septembre à Lille, il fut traduit devant le Tribunal révolutionnaire lequel, l’accusant d’avoir ménagé l’ennemi, le condamna à mort. Sa tentative de suicide ayant échoué, il fut guillotiné. Inhumé au cimetière de la Madeleine, ses restes se trouvent certainement parmi ceux retrouvés dans une chambre murée de la chapelle expiatoire érigée sur le cimetière. Son nom figure malgré tout sur l’arc de triomphe de Paris.