Revenu en Corse (1755), il y fut élu général en chef et, dès lors, présida aux destinées d'une Corse indépendante. Il la dota d'une administration, d'une justice, d'une monnaie et d'une constitution républicaine, etc. Le traité de Versailles du 15 mai 1768 remit tout en question : contre un prêt de deux millions de livres, la République de Gênes offrait la Corse en garantie à la France.
Paoli souleva les populations contre les armées de Louis XV, mais fut battu à Ponte-Novo (1769). Refusant de se soumettre, il reprit le chemin de l'exil qui le mena en Angleterre. Son combat étant devenu célèbre à travers l'Europe, il fut acclamé dans son pays d’accueil comme dans chacun de ceux qu’il traversa.
La Révolution française devait modifier la donne. Amnistié grâce à ses idées proches de celles des révolutionnaires, il revint en Corse en 1790.
Il débarqua à Macinaggio le 14 juillet pour être élu commandant en chef de la Garde Nationale et président du Directoire Départemental. Cependant, la radicalisation des événements l’ayant amené à s'éloigner de la Convention, soupçonné de traiter avec l'Angleterre, il fut décrété d’accusation comme « traître à la république française » (1793).
Il appela alors le peuple Corse aux armes, proclama la sécession, et se mit en relation avec l'amiral Nelson qui lui envoya deux mille hommes et une partie de son escadre. Elevé au rang de « Père de la patrie » par les patriotes et députés corses, son idée était de séparer la Corse de la France et de l'unir à l'Angleterre en offrant la souveraineté de son île à George III : ce fut l'éphémère royaume anglo-corse (juin 1794-octobre 1796) dont il souhaitait être le vice-roi. Les Anglais ne l’entendant pas de cette oreille, il fut écarté du titre au profit de Sir Gilbert Elliot. Mécontent, Paoli se retira à Monticello mais restait suffisamment influent pour faire perdre aux Anglais ce qui leur avait donné. Prudent, Gilbert Elliot le fit rappeler en Grande-Bretagne qui « l’invita » à quitter l’île. Il obtempéra et s'embarqua en octobre 1795 pour Londres où, installé confortablement, mais sans espoir de retour dans sa patrie, il mourut après s’être réjoui de l’avènement de Napoléon.
Comme de nombreux exilés français, il fut inhumé dans l’ancien cimetière londonien Saint-Pancrace (Old St-Pancras). Dès 1865, des Corses établis à Londres, les frères Casabianca, lancèrent une alerte : le tombeau de Paoli risquait d’être détruit en raison du tracé d’une ligne de chemin de fer. L’inquiétude aboutit, en 1873, à une souscription lancée pour ramener au sol natal les cendres du général. Plusieurs fois ajourné par de sérieux obstacles financiers, le projet vit enfin le jour en 1889.
L’illustre dépouille quitta Londres pour Calais, où le cercueil et les marbres furent placés dans un wagon spécial. Direction Marseille d’où un bateau les transportèrent jusqu’à l’île Rousse. Enfin, le 4 septembre 1889, les cendres atteignaient bon port où une foule et de nombreuses personnalités les attendaient. Gardées dans l’église de la ville, le 6 septembre elles prirent le chemin de Morosaglia pour y être déposée le 8 dans la maison natale du général, au hameau de la Stretta. Le rez-de-chaussée de la maison, qui abrite le Musée Pascal-Paoli, est en partie occupé par la chapelle où se trouve la tombe du Babbu.
Symbolique autant que politique, ce retour enracinait le héros dans son environnement naturel, mais également dans la mémoire collective.