Plus à gauche que Robert, il profita de la proscription des Girondins pour régler ses comptes avec Buzot qui avait fait préférer Evreux à Bernay comme chef-lieu du département de l’Eure.
Peu remarqué par la Convention, il fit un séjour au Conseil des Anciens qui ne marqua pas les esprits. Membre du Comité de l’instruction publique, il s’occupa de l’organisation des bibliothèques départementales. En 1793, il renonça à la prêtrise et prit courageusement la défense de son frère Robert, contre les réacteurs thermidoriens comme il le défendit lorsque celui-ci fut impliqué dans le procès Babeuf.
N’ayant pas signé l’Acte additionnel lors des Cent-Jours, il échappa à la proscription. Fatigué de la politique, et peut-être embarrassé par son passé religieux, il refusa tout poste officiel. Il se retira à Bernay où il exerça la profession d’avocat jusqu’à sa mort.
On ne sera pas surpris d’apprendre que la sépulture ecclésiastique fut refusée à cet évêque apostat. Après des obsèques civiles, son corps fut donc déposé sans aucune pompe religieuse au cimetière Sainte-Croix qui existe toujours. La terre de ce cimetière, créé en 1785, fit rapidement disparaitre la tombe de Thomas Lindet inhumé « en terrain commun » dont il n’existe plus aucune trace depuis longtemps
Les Lindet se composaient d’une fratrie de quatre enfants qui décédèrent de façon rapprochée : 1819, 1823 (Thomas), 1825 (Robert) et 1826.