Au procès du roi, non pas pour sauver Louis XVI mais pour sauver la République menacée par le reste de l’Europe, il vota pour la détention perpétuelle et le sursis. Puis, sentant la Gironde perdue et la République devenue montagnarde, il en vint à prophétiser le 18 brumaire : « Tout est nivelé pour l’esclavage ; département, religion, gouvernement, patrie, tout a disparu, tout est prêt pour un nouveau maître ».
A la proscription des Girondins, lui aussi s’enfuit. Après un périple entre la Normandie et la Bretagne il arriva à Saint-Emilion en compagnie de Barbaroux, Louvet, Valady, Salles, Pétion et Guadet.
Grâce à Mme Bouquey, la belle-sœur de ce dernier, il put se cacher avec ses amis dans une grotte que cette femme, bravant tous les dangers, avait mis à leur disposition. Ils y restèrent plusieurs mois. Ce fut dans ces conditions éprouvantes de survie qu’il apprit la mort de Manon Roland.
Quand il furent contraints d’abandonner cet abri, Valady et Louvet se séparèrent du groupe, Guadet se réfugia chez son père avec Salles, tandis que Buzot, Barbaroux et Pétion scellèrent leur sort chez Troquart, perruquier de son état à Saint-Emilion. C’était de nouveau grâce à Mme Bouquey qu’ils purent s’y dissimuler cinq mois.
Mais la traque serrée allait reprendre.
Le 17 juin au matin, on les avisa que la ville était bloquée par un bataillon dotés de dogues chargés de les débusquer. Ils apprirent que Guadet et sa famille avaient été arrêtés. Le soir même, ils abandonnèrent leur refuge. Sans passeport, simplement armés de leurs pistolets, ils s’enfoncèrent dans la nuit.
Le lendemain matin, se croyant repérés, pendant que Buzot et Pétion continuaient leur course éperdue, Barbaroux jeta l’éponge. Il tenta de se suicider avec son pistolet. Se faisant, il attira l’attention du groupe de volontaires qui jusque là ne se préoccupaient pas d’eux. A partir de cet instant on ignore ce qui s’est passé. Buzot et Pétion se sont-ils arrêtés pour observer ce qui se passait avec Barbaroux ? C’est plausible. En revanche, il certain que ces deux hommes, que la destinée avait rendu si proches, furent saisis d’un immense désespoir face à la réalité de leur situation. Ils savaient que la conclusion à leur cavale était proche. Ils prirent donc la seule décision qui s’imposait à leurs yeux.
Dans cette nuit du 18 au 19 juin des métayers entendirent deux coups de feu. Le 25, des grognements de chiens attirèrent l’attention d’un passant. Il découvrit des dogues en train de déchiqueter deux cadavres dans un champ de seigle près de la lisière du bois du dénommé "Devalz" à environ 600 mètres de l’endroit où on avait trouvé Barbaroux.
Le 26, dès quatre heures du matin, le juge de paix de Castillon, accompagné d’officiers municipaux et de gardes nationaux, arriva sur les lieux et dressa son constat. Si les visages étaient reconnaissables, l’état des corps était tellement avancé que personne n’accepta de les toucher pour les examiner de plus près. Bientôt la traditionnelle foule de curieux pointa son nez. On creusa deux fosses collées l’une à l’autre. On y poussa les corps.
tombes. Elles résistèrent de longues années à l’usure du temps dans le champ dit des "émigrés", avant de disparaître.
Reste un petit monument, au bord de la départementale reliant Libourne à Bergerac, rappelant l’événement « En cet endroit le 18 juin 1794 fut transporté le Girondin Barbaroux qui, traqué par les troupes terroristes, venait de tenter de se suicider. Conduit d’abord à Castillon, il fut mené ensuite à Bordeaux où il monta sur l’échafaud. De l’autre coté de la route, dans un champ appelé longtemps le champ des émigrés, les Girondins Buzot et Petion se suicidèrent le soir de ce même jour ».