Alors qu'il faisait arrêter les "lâches" qui, selon lui, étaient responsables de la déroute, Beysser fut transféré à Paris. Le 28 septembre, alors qu’il avait une côte enfoncée par un biscaïen** il fut emprisonné à l'Abbaye.
En vérité, l'ordre d'arrestation de Beysser avait été lâché par le Comité de salut public le 17 septembre, quatre jours avant sa défaite de Montaigu.
**Mousquet de gros calibre
Accusé tout particulièrement de fédéralisme, d'avoir calomnié la Montagne et les principes de Marat et d'avoir fait sortir de prisons des anti-révolutionnaires, Beysser fut condamné à mort et guillotiné avec le général Dillon , Gobel, Chaumette, la veuve Hébert et Lucille Desmoulins. D’abord inhumé au cimetière des Errancis, ses restes furent transférés aux Catacombes à la fermeture du cimetière.
Sa nièce (?) Augusta-Charlotte Beysser (1801- 1891) épousa Jean- Charles Bartholdi et sera la mère du sculpteur Auguste Bartholdi dont, selon certains, le visage lui aurait servi de modèle pour la statue de la Liberté.