L’ensemble de ses propositions, dont un remarquable projet d’instruction publique, restèrent lettre blanche.
« Le dernier des philosophes » n’était pas fait pour ce combat de pouvoir.
Dénoncé par Chabot pour ne pas avoir voté la mort du roi et accusé d’être un conspirateur pour avoir critiqué le projet de constitution du 24 juin, Condorcet se retrouva englobé dans la liste d’accusation des Girondins. Ses biens furent confisqués.
Condamné à mort par contumace, il se cacha d’abord plusieurs mois à Paris chez Mme Vernet. Puis, craignant de compromettre son hôtesse, il s’enfuit à Fontenay-aux-Roses dans l’espoir d’être accueilli par l’un des ses amis.
Trouvant porte close, son estomac hurlant famine, il prit le risque de rentrer dans une auberge. Sa bonne mise générale et la qualité de sa commande le rendirent très vite suspect. Il fut arrêté le 27 mars au soir et déféré à la prison de Bourg-la-Reine rebaptisée à l’époque Bourg-Egalité.
Il se serait alors suicidé avec du poison, contenu dans le chaton d’une bague, que lui aurait donné le docteur Cabanis. D’après les spécialistes, on ne peut non plus exclure un accident du type œdème pulmonaire. Condorcet fut inhumé dans une fosse commune du cimetière de Bourg-la-Reine qui fut désaffecté au 19ème siècle.
En réalité, ses restes n’ayant jamais été retrouvés, c’est surtout un symbole qui fut transféré dans un tombeau au Panthéon le 12 décembre 1989 lors de la commémoration du bi-centenaire de la Révolution.