Sa sœur Madeleine lui confia sa fille Yvonne. Sans le savoir, sa nièce allait favoriser la carrière littéraire de sa mère adoptive. A seize ans, Yvonne, volage, se livrait aussi à la prostitution, à l’insu de sa tante. L’écrivain Michel Yell, ignorant le commerce d’Yvonne, en tomba amoureux. Quand il découvrit le pot-aux-roses, il rencontra Marguerite dans les bras de laquelle il se consola…jusqu’en 1912.
Ami d’André Gide il présenta Marguerite à un groupe d’intellectuels, écrivains et artistes, parmi lesquels figuraient Léon-Paul Fargue, Léon Werth, Francis Jourdain, etc. Yell découvrit le talent d’écriture de sa compagne au travers de souvenirs qu’elle avait couchés sur le papier. Le manuscrit finit par arriver sous les yeux d’Octave Mirbeau qui régnait à l’époque en maître dans la République des Lettres. Enthousiaste, l’écrivain l’imposa aux éditeurs et, le 2 décembre 1910, l’ancienne bergère, la petite couturière était propulsée Prix Fémina pour son roman Marie-Claire dont les ventes explosèrent avant d’être traduit en en allemand, anglais, russe, catalan, suédois, espagnol, danois, slovène et même en esperanto !
Entre temps elle avait adopté le nom de jeune fille de sa mère.
Son second livre, L’Atelier de Marie-Claire, suite du premier, parut en 1920 après la mort d’Alain-Fournier, fils spirituel de Marguerite, et d’Octave Mirbeau, ne connut pas le même succès que Marie-Claire. Néanmoins, elle publia De la ville au moulin en 1926, puis La Fiancée, un recueil de contes que Flammarion édita en 1932, et enfin Douce Lumière, roman posthume publié fin 1937.
En 1997, le prix Marguerite Audoux fut créé pour récompenser les auteurs de langue française, dont le style ou la personnalité sont proches de ceux de la romancière. Une année sur deux, la remise des prix s’effectue dans le Cher, son département d’origine.
Marguerite aimait la mer et s’était installée à Saint-Raphaël où elle décéda. Elle fut inhumée au cimetière Alphonse Karr, dans une tombe qui, comme ses écrits, est sans fioritures superflues.