Depuis 1839, il rédigeait des articles et billets pour Le Figaro. La même année, il fonda son propre journal, Les guêpes, dans lequel, avec son esprit vif, lucide, à la malice parfois cruelle, il épinglait les plus grandes célébrités artistiques et politiques de l'époque.
Ses épigrammes sont célèbres et parfois toujours d’actualité : "Plus ça change et plus c'est la même chose", ou s’agissant du débat sur la peine de mort : "Je veux bien mais alors, que messieurs les assassins commencent."
En 1848, il créa Le Journal qui soutenait le général Cavaignac, candidat malheureux aux élections de 1848, face au futur Napoléon III.
Hostile au Second empire, en 1853, Alphonse renonça plus ou moins à la vie parisienne pour s’installer à Nice, avec sa compagne et sa fille, et s’adonner à ses grandes passions : l’horticulture et la botanique.
Il ne cessa pas pour autant d’écrire : Les Soirées de Sainte-Adresse et Au bord de la Mer (1860) racontent ses expériences de pêcheur. Puis, il se pencha sur un livre de souvenirs : Livre de Bord (1879-1880).
Exproprié par la construction de la gare PLM, il s'établit en 1865 à Saint-Raphaël. Ainsi vinrent se bousculer dans ce petit port de pêche une multitude d'hommes de lettres tels que Victor Hugo, Lamartine, Nerval, Dumas père…
Si certaines de ses pages ont un peu vieilli, on retrouve dans d’autres le même esprit pamphlétaire et l’humaniste satirique qui firent sa réputation.
Trop oubliée aujourd’hui, son œuvre littéraire a été remplacé dans les mémoires par ses dons d’horticulteur. La profession lui rendit hommage en donnant son nom à une poire, un bambou vigoureux et à un dahlia.
En 1882, il fut aussi le président effectif de la "Ligue Populaire contre la Vivisection."
Considéré comme le découvreur de Saint-Raphaël, la commune colla son patronyme à celui de son cimetière ancien où il fut inhumé. Passer de la « Maison close », nom de sa villa où il mourut, au cimetière tout en restant chez soi, voilà qui n’aurait pas déplu à notre humoriste dont la tombe est un "mégalithe" en forme de tronc d'arbre.
A ses pieds, sur la terre battue, trois plaques gravées reposant sur trois petits carrés en ciment (?) rappellent la présence de sa fille Jeanne (1852-1929), de son mari Léon Bouyer (1844-1916) et d'Alphonse Bouyer (1874-1920).