Sa sympathie pour les milieux d’opposition hongrois et son libéralisme intransigeant faisaient frémir l’aristocratie. Son manque de piété lui valait les attaques de l’église et sa vie privée tumultueuse, aggravée par une mésentente avec son épouse, Stéphanie de Belgique, l’éloignait de ses devoirs familiaux et conjugaux.
Depuis le printemps 1887, il souffrait de violents troubles nerveux et de de douleurs dans les articulations et les yeux. Sans doute la syphilis était-elle à l'oeuvre que le prince combattait avec des doses de morphine de plus en plus fortes. Désespéré, il parlait de sa mort prochaine à ses compagnons de débauche. Il demandait aux femmes de l'accompagner dans l'amour et dans la mort.
Au jour de l'an, Elisabeth partit pour Munich. Pendant son absence, les rapports de Rodolphe et de son père se dégradèrent un peu plus. Rodolphe avait demandé au pape l'annulation de son mariage qui lui a été refusée. François-Joseph était persuadé que la nouvelle maîtresse de son fils était à l'origine de cette demande. Pour l’empereur s’en était trop.
Maria von Vetsera, sa dernière conquête avait dix-sept ans, lui trente. Elle arrivait au bon moment, c'est à dire au pire.Elle l'aimait tellement. Rodolphe passa la nuit du 28 janvier dans les bras d'une autre de ses amantes puis, sous le prétexte de participer à une grande chasse, il partit pour le pavillon de chasse de Mayerling. Les corps furent découverts le 31 janvier au matin par un valet et un ami de l'archiduc. Assis au bord du lit, Rodolphe avait laissé tomber un revolver à ses pieds. Son crâne et celui de Maria étaient transpercés d'une tempe à l'autre. Deux balles furent retrouvées dans la chambre. Maria serait morte la première. Aucune analyse médico-légale n'ayant été faite sur la défunte, rien ne put et ne sera jamais affirmé (Voir l'article sur Marie von Veretsa).
Pour l'empereur, accablé de chagrin les circonstances du décès de son fils étaient inacceptables. Il lui fallait sauver la mémoire de son fils et de passer sous silence la présence de Maria. Pas d'adultère, pas de crime et encore moins un suicide !
On peut aisément imaginer ce que cette nouvelle amena de douleur dans le cœur et l’esprit d’Elisabeth d’Autriche déjà dépressive.
Dans la lettre adressée à sa mère, il souhaitait reposer avec Marie là où d'ailleurs elle fut inhumée. Vers deux heures du matin, la dépouille de Rodolphe fut ramenée à Vienne. La nouvelle se propagea comme une de choc dans tout l'empire et chacun y alla de sa théorie.
Selon les sources, pour permettre des funérailles et une inhumation religieuses interdites aux suicidés, on vendit au Vatican un acte accompli en état d'aberration mentale ou un aveu d'assassinat.
Radicalement opposé à la politique intérieure et extérieure de son père et ses ministres, et ses choix, le rendaient dangereux pour les conservateurs accrochés à leur vision rétrograde de l'empire et du monde. Rudolf, lui, voyait les choses en visionnaire.
Bon nombre d'indices trouvés à Mayerling laisseraient penser à la version de l'assassinat sans qu'on puisse en connaître les raisons et les protagonistes. Avec soin, on fit disparaître la moindre trace pouvant accréditer cette hypothèse. On fit jurer de se taire à tous les témoins liés à cette nuit là.
Le seul moyen restant pour que la vérité soit révélée, serait l'examen du corps du prince. Mais, jusqu'à ce jour, tous les intervenants devant donner leur autorisation, notamment la famille, s'y oppose.