Chef de cabinet au ministère de la Marine, grâce à la protection de la famille de Broglie, puis au Commerce et à l’Intérieur, il se fit nommer inspecteur général des monuments historiques en 1834. Il demanda alors à l'un de ses amis d'enfance, l'architecte Viollet-le-Duc, d’effectuer une de ses premières restaurations d’édifice en France. Il sillonna la France pour en recenser les richesses archéologiques. Si toutes les restaurations qui s’en suivirent ne furent pas du meilleur goût ou inappropriées, au moins eurent-elles le mérite d’éviter la ruine à plus d’un édifice du patrimoine français. Annonçant avec un siècle d'avance « l'Inventaire Général des Monuments et Richesses Artistiques de la France » lancé par André Malraux, le Ministère de la Culture et de la Communication lui rendit hommage en créant la base Mérimée, qui recense l’ensemble des monuments historiques et, au-delà, le « patrimoine architectural remarquable ».
Ami de longue date de la mère d’Eugénie de Montijo, lorsque celle-ci devint impératrice, il devint un familier de Napoléon III et de ses proches pour lesquels, afin de les distraire, il inventa sa fameuse dictée (1857).
De ses nombreux ouvrages, Colomba (1840) est considéré comme son chef-d’œuvre et Carmen (1845) inspira l’opéra de Georges Bizet. Reçu en 1843 à l’Académie des inscriptions et belles-lettres, il fut élu à l’Académie Française l’année suivante.
Bien que couvert d’honneurs, la publication posthume (1873) de ses Lettres à une inconnue, révéla sa solitude, sa tristesse et son désenchantement qu’il dissimulait derrière un style souvent hautain et impersonnel.
Il mourut à Cannes, ville qui l’avait séduit par son climat convenant à l’asthme dont il souffrait et qu’il fréquentait depuis 1856. Eprouvé par la chute de l’Empire en 1870, il y revint pour mourir.
Prosper Mérimée fut inhumé, selon sa volonté, dans le cimetière protestant du cimetière du Grand-Jas.
Dans la même tombe repose :
► Frances Lagden, dite Fanny (1796 - 1879)
Cette Anglaise avait prit des leçons de dessin chez Léonor Mérimée, le père de Prosper. L'écrivain fit sa connaissance en 1822. Restée célibataire, après la mort de la mère de Prosper, elle tint, avec sa sœur Emma, le ménage de l'auteur auprès duquel elle joua le rôle d'une dame de compagnie, attentive et dévouée. Mérimée s’installa à Cannes avec les deux sœurs. Il légua tous ses biens à Fanny.
Les lettres de Mérimée à Fanny Lagden, rédigées en anglais, sont affectueuses, mais n'apportent que peu de renseignements sur sa vie et celle de sa correspondante.