Il remplit diverses missions puis, sentant le vent tourné, il resta dans « une prudente inactivité » jusqu’à la chute de Robespierre qui lui permit de rebondir sur le devant de la scène politique lors de la réaction thermidorienne. Il réussit à rentrer au Directoire avant que Siéyès, lui ayant mis des bâtons dans ses ambitions, ne l’en fasse éjecter. Qu’importe, rallié à Bonaparte, il fut nommé vice-président du tribunal d’appel de la Seine en 1800 puis entra au Conseil d’Etat deux ans plus tard. Ce fut dans le cadre de cette fonction qu’il accepta d’être rapporteur au Tribunal du senatus-consulte rendant l’Empire héréditaire. Lui qui, lors de son élection comme président de l’Assemblée quelques années auparavant, avait hurlé : « Je jure haine à la royauté » !!
En revanche, c’est lui aussi qui participa activement à la rédaction du Code civil, du Code pénal et du Code du commerce ainsi qu’à l’organisation judiciaire. Fait comte d’Empire en 1808, Treilhard mourut comblé d’honneurs. Et ce n’est pas l'emplacement de sa tombe qui allait les démentir.
Après des obsèques religieuses en l'église Saint-Etienne-du-Mont, Jean-Baptiste Treilhard fut inhumé le 5 décembre dans le caveau III du Panthéon.