Grâce à cette amitié, Louis XIV, qui venait de révoquer l’Edit de Nantes, lui confia la direction d’une mission en Saintonge et en Poitou. Se refusant à tout emploi de la force et n’usant que de prudence et de charité, il obtint de grands résultats dans ces provinces troublées par le fanatisme religieux ce qui lui valut toute la confiance du roi qui le nomma précepteur de son petit-fils, le duc de Bourgogne. En 1694, son préceptorat terminé, Louis XIV le nomma archevêque De Cambrai.
A la même époque, Mme Guyon, bien vue à la Cour, professait un mysticisme sentimental, le quiétisme, que l’Eglise avait condamné en 1691. Contrairement à la mystique traditionnelle, le quiétisme inclinait à dédaigner l’étape de l’ascétisme et de la lutte contre les passions.
Gagné à la cause de Mme Guyon, Fénelon, qui voyait dans cette approche une religion présente au cœur, espérait rallier Bossuet. Grave erreur !
Bossuet, lui voyait surtout dans le quiétisme une primauté à l’expérience intérieure au détriment de la tradition de l’Eglise. Soupçonnant son protégé de déisme, il rompit avec lui et l’attaqua vivement jusqu’à l’obtention de la condamnation par Rome de son Explication des maximes des saints.
Après s’être soumis, Fénelon se lança dans la publication des Aventures de Télémaque dans lequel Louis XIV y lut une critique de son règne. Et bien que le souverain le considérât comme « le plus bel esprit et le plus chimérique du royaume », il fit arrêter l’édition et disgracia son auteur. Mais l'influence littéraire de ce roman fut considérable pendant plus de deux siècles.
En quelque sorte exilé dans son diocèse, Fénelon se montra désormais un pasteur irréprochable.
Elu à l’Académie française en 1693, plus encore que par sa doctrine, Fénelon séduisait par sa personne. Nerveux, sentimental, à la fois sévère et courtois, raffiné et gai, enfantin jusqu’à la sensiblerie guyonniste, et d’une extrême tolérance, il pécha néanmoins par dérobade en face de Bossuet. Considéré comme un précurseur des Lumières, sa religion voulait une piété plus amoureuse et plus libre aussi, poussant à se confier à l’instinct de la conscience à un abandon sentimental à Dieu.
Une dépouille baladeuse mais conservée
Fénelon décéda d’une pneumonie. Embaumée immédiatement, sa dépouille fut exposée dans le grand salon du palais épiscopal et fut inhumée le lendemain, sans aucune pompe, avant les funérailles solennelles organisées les 18 et 19 janvier suivants et prolongées jusqu’au 23.
En 1720, on le transféra dans le caveau des archevêques qu’on venait de construite sous le maître-autel. Il fut placé dans un four, fermé par une plaque indiquant en latin que la dépouille de l’archevêque de Cambrai s’y trouvait.
Quatre ans plus tard, le marquis de Fénelon, fit ériger un mausolée avec un buste en marbre, par Lemoyne, actuellement conservé au musée de Cambrai.