Au début de la Seconde Guerre mondiale, il se réfugia dans le sud de la France et ne revient à Paris qu’après l’Armistice de 1940 où il dut céder la direction de la NRF à Drieu La Rochelle et accepter de s’autocensurer contre un contingent de papier. Son attitude ambiguë lors de cette période aurait pu lui valoir de sérieux ennuis à la Libération avec la NRF accusée de toux les maux et interdite de publication. Mais le suicide de Drieu La Rochelle et le soutien sans faille d’écrivains résistants comme Albert Camus lui permirent de protéger la librairie Gallimard. En 1946, il racheta à Jeanne Loviton, maîtresse et créancière controversée de Robert Denoël, 90 % des parts des éditions Denoël son principal concurrent.
Avec les années, ses forces déclinant, il passa progressivement le pouvoir à son fils Claude. Génie de l’édition, il vit défiler des géants de la littérature qui firent l’histoire de la maison Gallimard mais aussi celle du 20ème siècle. Et pourtant, il disait avoir raté sa vie « à partir du jour où je suis devenu un commerçant (...) j’ai perdu mes vrais amis. Nous n’avons plus parlé des mêmes choses (...) Je n’ai que l’argent. Mais avoir de l’argent ne me sert à rien.»….
Gaston Gallimard fut inhumé dans le petit cimetière de Pressagny-l’Orgueilleux où il possédait une résidence depuis des décennies et où il en offrit une à sa maîtresse, l’actrice Valentine Tessier qui repose presqu’en face de lui et de ....la seconde Madame Gallimard.