Les limites de son royaume se déplaçant de plus en plus vers le sud, le roi Ordono II décida d’installer sa capitale à León en 914. Durant la période nécessaire à l’édification d’un panthéon royal, les souverains d’Asturies et León continuèrent, pour la plupart, à être inhumés dans celui d’Oviedo.
On s’activa pour bâtir des édifices religieux et bientôt une église dédiée à saint Jean-Baptiste (San Juan Bautista) voyait le jour.
Vers 1063, le prince musulman de Séville accepta que les restes de saint Isidore, archevêque de Séville et illustre docteur de l’Eglise wisigothique mort en 636 à Séville, puisse reposer en terre chrétienne.
La même année, pour recevoir la sainte dépouille, Ferdinand Ier et sa femme Sancha, firent construire la basilique actuelle de St Isidore de León,- surnommée « la chapelle Sixtine romane » en raison de la richesse de ses fresques,- sur l’emplacement de l’église primitive qui devint panthéon royal. Cependant, les souverains du royaume n’avaient pas attendu cette sainte protection pour se faire ensevelir quelque part.
- Il y avait donc l’église primitive St Jean-Baptiste dans laquelle des personnalités royales furent enterrées avant qu’elle ne devienne St Isidore, et aussi
- une autre église construite au 10ème siècle nommée San Salvador del Palat de Rey citée pour elle aussi avoir reçu des dépouilles de souverains :
Ainsi existe-t-il, surtout avant l’édification de St Isidore, une confusion tout à fait légitime entre San Salvador et San Isidore/San Juan Bautista.
Cette confusion fut accentuée quand, en 986, Bermude II, pour les protéger des Arabes, fit déplacer certaines sépultures (Ramire II, Ordoño III et Sanche Ier le Gros) de San Salvador del Palat de Rey vers l’église Santa Maria d’Oviedo.
A la suite de l’invasion française les sépultures du panthéon furent détériorées par les cavaliers qui s’en servaient pour faire manger leurs chevaux. Les restes des rois et des reines furent entassés de telle manière qu’il fut impossible par la suite de les séparer et de les identifier. Depuis quelques années on parle d’un projet d’identification par ADN et autres moyens comme l’assistance d’un médecin légiste.
Néanmoins, vingt-trois rois, reines et infants du León et de Castille et León sont officiellement identifiés comme reposant en la basilique San Isidoro.