Nommé lieutenant-colonel dans l’armée catholique et royale, il débarqua en France au moment précis où Lazare Hoche commençait enfin à venir à bout de l’insurrection vendéenne. Cette situation rendait le projet de Frotté irréalisable dans l’immédiat. Participant à de nombreux combats, la soumission des autres chefs insurgés l'obligea à retourner en Angleterre. Après avoir mis au point un nouveau projet d’insurrection avec le ministre anglais Pitt le jeune et le comte d’Artois, il revint en France en avril 1797, s’introduisit clandestinement dans Paris, mais dut à nouveau fuir après le coup d’Etat du 18 fructidor.
Rallié à Puisaye mais refusant de se mettre sous les ordres de Pichegru, muni d’un nouveau plan, il débarqua une nouvelle fois en France en septembre 1799 où, malgré quelques violents combats, ne recevant pas les secours promis, il fut contraint de se soumettre après Cadoudal.
Ce fut dans ces circonstances, alors que muni d’un sauf-conduit il se présentait au général Guidal qui devait recevoir sa soumission à Alençon, qu’il fut arrêté. Trois jours plus tard, à Verneuil, une commission militaire le condamnait à mort sans avocat ni témoins.
Conduit à pied au lieu de son exécution, il refusa qu'on lui bande les yeux et attendit les coups de fusil avec sérénité.
Par négligence ou par calcul, les cadavres restèrent exposés jusqu’à la nuit. On raconte que quelques personnes en profitèrent pour emporter, comme des reliques, des cheveux des victimes et des morceaux de leurs habits. La nuit venue, les corps furent enlevés dans un tombereau et transportés au cimetière. Une tombe commune les reçut pêle-mêle.
Il semble que Frotté, n’acceptant pas la défaite, avait adressé une lettre à un ami disant qu’il fallait consentir à tout sauf au désarmement. Cette lettre, pour le moins compromettante, aurait été saisie ce qui expédia Frotté devant une commission militaire et le peloton d’exécution avec plusieurs de ses compagnons d‘armes. Mais la guerre menée contre la République par l’irréductible chef emblématique
« Général des Royalistes de Normandie » avait été si impitoyable que Bonaparte le considérait comme son ennemi personnel.
Louis de Frotté fut donc inhumé dans le cimetière communal de Verneuil.
En 1826, un monument expiatoire, œuvre de David d’Angers, le représentant accompagné de ses six amis d'infortune fut érigé en l’église de la Madeleine. Puis, par décision royale du 10 janvier 1827, autorisant la translation de ses restes et de ceux de ses compagnons en l'église, il y trouva son ultime repos.